保险公司垫付费用不会被扣除，赔偿后无权扣肇事者垫付资金。依据《保险法》等相关规定，保险公司应按规定流程赔偿，不得无故扣减垫付费用。若保险公司违规操作，可能影响被保险人的合法权益，甚至引发法律纠纷。
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保险公司垫付费用不扣减。具体操作：1.与保险公司明确垫付费用性质及归属，确保不被误扣；2.若保险公司提出扣减，要求提供明确法律依据；3.协商不成，可咨询专业律师，通过法律手段维权；4.保留相关证据，以备不时之需。
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处理保险公司垫付费用问题，常见方式为协商或法律途径。应先与保险公司协商解决，明确垫付费用归属；若协商无果，可通过法律途径维护权益，确保资金不被无故扣减。